在中国，如果你对朋友宣布你是基督徒，你常常得到“迷信愚昧”、“闲得蛋疼”、“走火入魔”之类的评价，仿佛他们才是真理的化身。即使你只是在豆瓣上给福音电影贴个简短评论，你也容易被并不熟识的人斥为“神棍”。
世人和世事永远如此。不论耶稣和他的门徒做过什么，加略人犹大总是叛徒的代名词，好像他的罪就代表了全部门徒、甚至所有基督徒一样。不论基督教对中国做出多少奠基和贡献，当形势需要时，传教士性命难保、教会无处相聚，而基督教只不过是“帝国主义的侵略工具”。
教会从来就不完美。在基督教历史上，基督徒犯过许多错误、甚至严重罪行，例如十字军东征、宗教裁判所和猎巫事件等。但总体上，基督教的积极作用远超负面影响。而且关键在于，基督教是信仰基督，而不是基督徒。
有人愚昧地论断说：宗教努力改变人的生命，结果只是导致了宗教裁判所那样的事件，或者产生霍梅尼那样的人。这完全是颠倒黑白：基督徒是受到宗教裁判所的迫害，而不是去折磨别人；将基督教与霍梅尼的狂热穆斯林信仰相比，就好比把林肯与希特勒、华盛顿与斯大林相提并论，只会暴露自己对历史和政治一无所知。
真正的基督教必须与名义上的基督教区分开来。有些人自称基督徒，人生却完全背离拿撒勒人耶稣的原则和教导，这不是真基督徒。真正的基督信仰一直是对世界充满纯粹的祝福，与名义上的信仰完全不同。
另一方面，尽管耶稣告诉人们要爱邻居、爱仇敌，但确实也预言基督教本身是会引起分歧的。耶稣说：“你们以为我来，是叫地上太平吗？我告诉你们：不是，乃是叫人纷争。从今以后，一家五个人将要纷争：三个人和两个人相争，两个人和三个人相争；父亲和儿子相争，儿子和父亲相争；母亲和女儿相争，女儿和母亲相争；婆婆和媳妇相争，媳妇和婆婆相争。”
圣经教导人们要尽可能与人和平相处，说：“总要尽力与众人和睦。”但只要你把基督放在生活的首位，就会违背家人的意愿，不管你多么温柔和谦卑，真正的信仰总能引起敌对反应。基督在这里所说的纷争，是不信者对敬虔的反应、或信徒对不敬虔的反应。
本文检视基督教历史上的一些著名的黑暗时刻。
十字军东征
十字军东征，起初是为了对抗伊斯兰教。7世纪时，穆罕默德的宗教进行武力扩张，成千上万的基督徒被迫改信宗教，或者被杀害。事实上，穆罕默德的军队甚至试图征服欧洲，幸好在732年，他在法国被被查理·马特(绰号铁槌)击退，图尔战役重挫了伊斯兰军队，被认为是历史上最重要的战争之一。
穆斯林在7世纪占领耶路撒冷时，起初还允许基督徒朝圣者前往圣城。但到了11世纪，耶路撒冷的基督徒朝圣者遭到塞尔柱突厥人的骚扰，这是一种非常粗野的穆斯林。此外，突厥人在君士坦丁堡对面的尼西亚有一座堡垒，属基督教世界的拜占庭皇帝阿列克塞一世试图将突厥人赶出该地区，但未能成功，于是向基督教世界的领袖教皇求助。1095年，教皇乌尔班二世在法国克莱蒙发表了史上最动人的演说之一，成功动员了数千名战士和骑士，组成大军前往驱逐圣城的异教徒。
4年后，一些意志坚定的十字军士兵终于抵达耶路撒冷，他们经历了无数的艰难困苦，许多人在途中丧生。因此，当愤怒的“十字军士兵”到达耶路撒冷时，他们屠杀了成千上万的居民，并按照当时普遍实行的野蛮战争方式，无情地屠杀了所有的穆斯林、甚至许多犹太人。他们的主要目标实现了：圣城重新回到了“基督徒”手中。在历时200余年的十字军东征历史中，这是唯一的一次成功夺取耶路撒冷。
50年后，十字军建立的保卫前哨站之一伊得撒沦陷于穆斯林之手。这引发了第二次十字军东征，此次东征的号召来自圣伯尔纳铎。根据他的描述，“基督士兵”实在不敢恭维：“在那无数的群众中，绝大多数都是极其邪恶的、不虔诚的、亵渎神灵的、杀人犯和伪证者。他们的离去可获双重的收益：欧洲因失去他们而喜悦，巴勒斯坦为得到他们而高兴。”因此，他认为他们基本上是未重生的恶棍，每个人都可以为他们的离去而高兴。这显明了十字军士兵的一般素质，他们仅仅是名义上的基督徒。
可见，他把十字军的成员视为是罪大恶极的败坏分子，他们的离去令众人高兴之至。这就是十字军的一般水准，他们只是名义上的基督徒。
后来的十字军东征更加糟糕。有一次，威尼斯人狡猾地利用十字军，摧毁了他们的主要竞争者君士坦丁堡，而它也是基督教世界的一部分。这次攻击有力地削弱了君士坦丁堡，为1453年最终沦陷于奥斯曼突厥之手铺平了道路。十字军洗劫君士坦丁堡，使整个基督教跌入新的低谷，并奠定了十字军东征逐渐没落的基础。
可能最悲惨的十字军行动，是儿童十字军东征。一群儿童被鼓动起来，献身于“为基督而战”。他们迅速走向死亡，或被俘虏，或被卖为奴。
《可兰经》允许使用武力来赢得信众，所以好战的穆斯林行为符合《可兰经》。但基督徒采用军事战争的方式并不符合基督教义。在早期教会，许多基督徒不肯拿起武器为罗马帝国扩张版图，他们拒绝在帝国军队中服役，许多教会领袖也不鼓励他们参军。大约在1,000年后，自称基督徒的人却拿起武器，甚至屠杀无辜的人，例如耶路撒冷的犹太人、穆斯林平民，甚至君士坦丁堡的基督徒同胞。
如何理解十字军东征中许多非基督教性质的过激行为？这些军事行动表明，区分基督教世界和基督教十分重要。基督教由那些已经悔改、并真正相信耶稣基督是他们救主的人组成；基督教世界包括真正的基督徒，以及那些自称基督徒、但从未经历过基督拯救恩典的人，许多基督教世界的成员过着完全不配称为基督徒的生活。
当人并未重生、未曾被基督改变时，容易做出各种不敬虔和不人道的事情，不管是无神论的共产主义者还是教会中的神职人员都是如此。而对于未重生的教会领导者，他们的恶行使基督教背负了历史的责难。
教会分两种：有形的教会(基督教世界)和无形的教会(真正的基督教)。基督徒敬拜的教堂是有形教会的一部分，任何路人都可以进入参观，凡是在耶稣基督里宣告信仰的人就是教会的成员。但圣经早就指出，有形的教会并不是基督的真正教会，真正的基督教会是无形的，它的成员是真正属神的选民，也就是那些被圣灵重生的人。加略人犹大是有形教会的成员，但他不属于无形的基督教会。
耶稣曾经用一个比喻，帮助理解在有形教会中信徒和非信徒共存的状况。他说：
“天国好像人撒好种在田里，及至人睡觉的时候，有仇敌来，将稗子撒在麦子里就走了。到长苗吐穗的时候，稗子也显出来。田主的仆人来告诉他说：‘主啊，你不是撒好种在田里吗？从哪里来的稗子呢？’主人说：‘这是仇敌作的。’仆人说：‘你要我们去薅出来吗？’主人说：‘不必，恐怕薅稗子，连麦子也拔出来。容这两样一齐长，等着收割。当收割的时候，我要对收割的人说：先将稗子薅出来，捆成捆，留着烧，惟有麦子要收在仓里。’那撒好种的就是人子，田地就是世界，好种就是天国之子，稗子就是那恶者之子，撒稗子的仇敌就是魔鬼，收割的时候就是世界的末了。”
虽然这个比喻是指一般的世界状态，但也很适用于教会，人们从教会历史中不难看了它的应验。魔鬼能够渗透教会，所以正如耶稣所预言的，教会中包含信徒和非信徒。
在中世纪，几乎所有欧洲人都是基督教世界的一分子，只有住在隔离区的犹太人和西班牙的摩尔人(他们是穆斯林)除外。因此，他们都据称是基督徒。但从圣经的角度来看，这很荒谬。只有那些将信心完全寄托在基督身上、相信他的死可以赎罪的人才是能得救的。
每个人都必须个别地信靠耶稣。当整个地区成为“基督徒”时，就有无数不认识主、行为不道德的人突然成为“基督徒”。罗马皇帝狄奥多西宣布整个国家正式成为基督教帝国，许多非信徒一夜之间成为“基督徒”；法兰克王国的首位国王克洛维接受了基督信仰，就命令他的士兵们集体进入河中接受洗礼。这是极严重的错误，基督教绝不是这样运作的。每个个体都需要悔改自己的罪，并信靠他得救。像克洛维士兵那样的集体洗礼，只会让未得救的人进入有形的教会。简而言之，基督教堕落成基督教世界长达数百年，地域遍及整个欧洲。基督教世界确实有很多需要悔改的地方。
然而，真正的基督徒就不会犯下坏事吗？上文提到的圣伯尔纳铎，他号召发起了第二次十字军东征。他是一位真正的基督徒，协助建立了诸多修道院，致力于传扬福音、保存圣经、救济穷人。那他为什么会发动十字军东征？主要原因在于，他是他那个时代的产物，今人凭着事后诸葛亮的聪明指责他犯下严重错误，可曾想过后人会如何评价今天的基督徒？毫无疑问，今天的基督徒照样存在许多的盲点和明显的罪行，相比之下，圣伯尔纳铎称为圣徒并不过分。
人在一定程度上都是所处时代和环境的产物。比如，美国的建国先贤们撰写了宪法，总体而言这是历史上最伟大的政府文件之一，但是在宪法第1条3a中却隐含承认了奴隶制，直到后来被第14修正案所取代。按照当时的条款，黑奴只有3/5的代表权，而自由人享有100%的权利。今天的政治活动分子，可能拼命想将建国先贤打成无可救药的种族主义者，并将宪法视为无可救药的错误，但这显然是愚不可及、根本不可能做到的。
同样地，不可能因着教会过去犯下十字军东征等罪行，就全面否定基督教。基督教本身，已经给出评判十字军东征错误、不合基督信仰的正义标准。
此外，人人都有自由意志，可以做自己想做的事。真正的基督徒犯罪时，他所做出的选择可能会对周边的人产生负面影响，“神的名在外邦人中，因你们受了亵渎。”但是成为基督徒并不意味着失去自由意志，上帝呼召人成为他的孩子，而不是他的机器人。神的旨意可能通过基督徒在地上实现，但有时基督徒却是在阻挡他的旨意。
反犹主义
反犹主义其实是一种意识型态，是仇恨犹太人的思想与行为的总称。反犹主义由来已久，在不同历史时期有着不同的动机和表现形式，也存在于犹太人生活的所有地区。
基督教兴起之前，在地中海沿岸地区进行征伐的亚述、巴比伦、波斯和罗马帝国等，都喜欢将自己的宗教与文化强加于被征服民族。信仰一神教的犹太人与信仰多神教的其它民族相比，更容易引发与征服当局的冲突，从而导致征服势力更残酷的镇压。征服者通常把犹太人拒绝其他宗教与文化的行为视作对统治者的反抗，甚至直接宣布犹太教为非法、废止犹太教习俗、焚烧犹太教经典、强迫犹太人食用猪肉等，进而引起更大规模的迫害与反迫害。
基督教时代反犹主义似乎令人难以置信。基督徒崇拜的耶稣，本身就是一位犹太人。基督教原是犹太教的教派；建教者是犹太人，初期追随者也都是犹太人；新约圣经大部分都出自犹太人，只有路加的两卷例外。
反犹的基本理由是：基督教认为耶稣是弥赛亚，但是犹太人不认为耶稣是弥赛亚、更不承认耶稣复活，耶稣复活后还以钱封口，掩盖耶稣复活的事实。同时，基督教认为耶稣被犹太教利益集团迫害致死，且使徒在罗马帝国境内传教受到犹太人的压迫，这些都造成基督徒对犹太人的反感和仇恨。
因此，基督教成为罗马国教后，犹太人和犹太教受到打压，法律禁止犹太人与基督徒通婚，又规定不得修建新的犹太会堂。
中世纪早期，基督教会尚未形成严密组织，犹太人尚未遭受严苛待遇，数百万犹太人生活在基督教治下的欧洲，并且犹太人大多具有较高的教育水准，在金融、医疗等行业发挥了较大的作用，因此往往受到地方君主或贵族的庇护，避免了在基督教社会中的孤立处境。但不久，罗马天主教会通过变革，基督徒和不愿容忍的中产阶级崛起，反犹势力大大增强，天主教修士开始大肆宣扬犹太人杀害耶稣、鼓动普通市民仇视犹太人，因此犹太人被大规模迫害和驱逐。
十字军东征对犹太人进行掠夺和屠杀，也立法限制犹太人从事多数经济活动。在整个中世纪，犹太人遭受了巨大痛苦，常常成为自然灾害(如黑死病)的替罪羊，并在欧洲各地遭遇杀戮和驱逐，犹太人被迫离开英格兰、法国和神圣罗马帝国，向东迁移到波兰等东欧国家。不过，对犹太人施加恶行的人大多是非基督徒，他们只是基督教世界的一部分，正如在西班牙宗教裁判所中烧死犹太人的“基督徒”，同样也烧死福音派基督徒。
宗教改革时期，欧洲各新教教派主要与罗马教廷斗争，对犹太人的敌对较少。但是，也有一些真正的基督徒存在反犹行为。马丁·路德本来觉得只要详加解释福音真理，犹太人就会成群结队地来归向基督，结果发现自己大错特错，犹太人顽固地拒绝他们自己的弥赛亚。他因此非常愤怒，许多旧约经文都指明耶稣就是弥赛亚的嘛。他撰文批判犹太人，后来还被纳粹利用，成为他光辉而高尚人生中的严重污点。
20世纪的反犹成为大规模屠杀的政治运动。1903年，俄国出现反犹著作《锡安长老会纪要》，成为近代反犹主义的指导作品。1917年俄国革命被指是犹太人策划，犹太人在国际共产主义运动占据重要地位。
二战时期，反犹主义达到高峰。希特勒虽有天主教背景，但他反基督、拒绝基督教的神、对抗圣经里的神，宁可接受祖先的古老异教，并且受尼采影响很大。在他的领导下，纳粹限制和剥夺犹太人的人身权利，焚烧犹太会堂和商业机构，搜捕犹太人并关入集中营，对犹太人进行了大规模的迫害和有计划的种族灭绝。希特勒十分清楚基督教源自犹太人，他宣告：“十字架的日子开始倒计时了！我们必须解放德国，摆脱基督教的邪恶影响。”
二战期间，美国的反犹与排犹环境为犹太人逃离纳粹的迫害造成了障碍，不少犹太难民被美国拒绝入境。二战末期到1960年代，波兰多次爆发排犹运动，引发了上万犹太裔波兰人流亡至以色列。
近年来，美国的犹太会堂多次发生枪击案。以色列-哈马斯战争期间，美国出现的多起反犹活动日益升级，大学生、穆斯林与野心政客掺杂其中，使不少犹太裔遭到排斥和打压。
中国历史上并无反犹传统，近年的反犹主义另有背景。中国的反犹论调并非源自中国大陆，而是来自中东的民间讨论，官媒公开散布反犹阴谋论，蓄意引导多种谬论和谣言在网上传播。在中共的意识形态中，以色列是美国在中东的代理人，反犹、反以的本质其实是反美，反犹的目的是插手中东国际政治、实现领导全球秩序。
穆罕默德在中世纪创立伊斯兰教后，早期对犹太人并无太大敌意，直到他与追随者迁到麦地那，与当地犹太人的不和逐渐加剧。于是穆罕默德驱逐和围攻麦地那的犹太部落，杀害男丁、将妇女儿童掠为奴隶。11世纪，各地开始全面迫害犹太人，造成大规模屠杀和灭绝。
近现代的阿拉伯世界，从教科书灌输反犹观点，称犹太人起源于猴子和猪。伊斯兰教圣训中包含许多反犹言论，宣称：“复生日不会来临，直到穆斯林杀戮犹太人。”“审判日不会来临，直到穆斯林与犹太人战斗。”
穆斯林认为，以色列土地属于伊斯兰教、犹太会堂是崇拜魔鬼的庙宇，也相信圣训要求穆斯林歼灭犹太人。因此近年极端伊斯兰恐怖主义加剧，穆斯林袭击和恐吓当地人，袭击犹太人的事件亦迅速增多。他们鼓动说：“以色列去死，诅咒犹太人，伊斯兰必胜！”
其实可以说，反犹的种子在新约时代就已经播洒在地上。犹太人和早期基督徒冲突不断，耶稣时的宗教领袖不认为他是弥赛亚，反而将他定罪钉死在十字架上，把接受他的人们赶出会堂。扫罗原是积极逼迫基督徒的犹太领袖，他在去大马士革的路上神迹式地成为使徒保罗，他向犹太人和希腊人传讲福音，但是犹太人却穷追不舍地逼迫他，使他和巴拿巴不得不转向外邦人传福音，而那时外邦人在犹太人眼中比狗还不如。因此，早在新约时代，犹太人和基督徒之间早已存在冲突，然而圣经中并未出现有关反犹的教导。
只是后来风水轮流转，从犹太人迫害基督徒、杀害了不少人，转为在中世纪“基督徒”迫害犹太人，把他们赶到贫民窟。当权力掌握在基督徒手中时，一些所谓的“基督徒”会常常以不合乎基督教导的方式来使用权力。
至于耶稣被钉十字架，从历史事实上，的确是犹太人把耶稣押送给罗马人杀害的；但究其本质，基督徒应承担基督死亡的责任。这是是神的旨意，让他的儿子为他们的罪而死；耶稣自愿献出生命，为了使信他的人可以得着永生。
反犹主义绝对是不符合基督教导的，并且与基督的旨意截然相反，因他对他的子民如此深爱。基督的教导，使得角斗比赛、奴隶制、一夫多妻制、酷刑以及一些国家的死刑、屠杀战俘、决斗和切腹自杀从地球上消失。反犹主义也注定是要灭亡的，它结束的日子屈指可数。
宗教裁判所
宗教裁判所即宗教法庭，最早成立于1233年。它是教会历史中最黑暗的时期，设立的目的是为了根除异端、以武力确保正统，当指控一名基督徒为异端时，如果他被证明有罪、确实怀有异端信仰，法庭的目的是说服他放弃错误的信仰并且悔改。如果他仍然顽固不化，法庭会将他移交给世俗当局。惩罚被判有罪的异端时，通常采用火刑。
宗教裁判所主要经历了三个阶段：
- 西班牙宗教裁判所，隶属于西班牙王室，1478年成立。
- 果阿宗教裁判所，隶属于葡萄牙天主教会，1560年成立。
- 罗马宗教裁判所，即今日圣座信理部前身，1542年成立。
理解宗教裁判所的关键，在于了解当时教会的腐败。买卖圣职泛滥成灾，主教、神父甚至教皇职位都可以交易。简而言之，当时教会的各级领导中，有许多不敬虔的人。财富和权力对主教和神父来说也是充满魅力的，随着教会的发展壮大，财富和权力依赖于信徒的服从。信徒若以教义准确性来质疑教会，那就是糟糕的背叛；如果他成功地吸引了一些追随者，那就形成了叛乱的核心。因此都会不惜一切代价、采用一切手段，去审查每一个动机、镇压所有可能的叛乱。
在这种背景下，一些平信徒中兴起了宗教运动，他们认为教会并非得救的必要条件。其中，瓦勒度派是现代福音派的先驱，阿尔比派(亦称卡特里派)则拒绝传统的基督教信仰。这些异端并不容易被遏制，于是又发动十字军东征，试图消灭这些新宗派。许多人被杀，但异端并没有被消灭。因此，十字军东征未能完成的使命，就设立宗教裁判所来完成。
很难确定宗教裁判所期间究竟有多少人遇害。据专家估计：西班牙宗教裁判所烧死了12,000人，全部宗教裁判所共计杀害约30,000人。无庸辩解，宗教裁判所绝对是邪恶的，今人决不会为基督教历史上最黑暗、最残酷的这一时期辩护。即使圣彼得和圣保罗在当时被控为异端、在宗教裁判所接受审判，他们也不能获得公开辩护的机会。
客观地说，宗教裁判所使用的酷刑方法，在当时是合法提取犯罪供词的常用手段。然而，使用暴力来确保信徒严格遵守正确的教义，完全与圣经教导的精神背道而驰。信仰必须是信服的结果，不应强加于人。异端应通过辩论来战胜，而不是通过武力。
西班牙宗教裁判所尤其残酷和野蛮，它的本质就是魔鬼。这不是基督徒迫害非基督徒，恰恰相反，宗教裁判所的成员根本不是基督徒。他们生活在福音几乎被遗忘的黑暗时代，信仰如此扭曲，几乎看不出它与基督所传递的信仰有什么相似之处。很多时候，宗教裁判所的受害者是福音派新教基督徒，他们逐渐明白基督的传统福音、拒绝当时的教皇迷信，而这正是他们被指斥为异端、受尽残酷刑罚折磨的原因。
宗教裁判所时期，当权者甚至禁绝圣经。支持和参与宗教裁判所的人，也是禁止人们阅读圣经的势力。他们还禁止圣经翻译成当地语言，他们将相信、翻译或教授圣经的人烧死，并轻蔑地将圣经与殉道者一起扔进火中焚烧。
西班牙宗教裁判所还有政治层面的原因。15世纪末，当时的国王忙于统合分裂的现今西班牙土地，设立西班牙宗教裁判所的部分原因正是为了促进国家统一。
宗教战争
宗教改革总体上是正面和积极的，但不幸的是，它也是以基督之名进行更多暴力的催化剂。
宗教改革之后，欧洲部分地区因宗教战争而四分五裂。然而，许多冲突并不仅仅是关于神学教义的，而是土地和权力的争夺。许多封建领主不再愿意受制于教皇，也不想向教会进贡金钱财物，他们希望统治自己的领土，但另一些人认为这是一种异端，于是与这些德国领主作战，试图将他们带回“真正的教会”。许多残暴行为，再次耶稣之名而行，而他可是教导门徒要“爱你们的仇敌”。
对许多人而言，这是生死存亡的严重问题。例如，法国胡格诺派(俗称法国新教)基督徒，很多人因为他们的加尔文主义信仰而被屠杀。仅1572年，就有1万名胡格诺派被政府军屠杀，是为“圣巴托罗买大屠杀”。
宗教战争中最激烈的冲突是残酷的三十年战争(1618-1645)。这场战争开始时是天主教与新教的斗争，后来演变为一场世俗战争。三十年战争非常复杂，并不仅仅是天主教与新教之间的冲突，例如在有一个阶段，法国的天主教枢机主教黎塞留向瑞典新教势力古斯塔夫二世提供资金，去对抗西班牙的天主教部队。因此，宗教是三十年战争的关键因素，并且确实是它的起因，但宗教绝不是唯一的因素，也不是战争结束的最重要因素。1648年的“威斯特伐利亚和约”标志着三十年战争的结束，此后基督教世界的宗教战争基本上停息了，只有个别例外。
宗教战争500年后的今天，天主教与新教关系相对良好，北爱尔兰算是例外，不过那里的冲突更多是政治性质，而非宗教性质。今天许多的罗马天主教会领导人认为路德是一位改革者，而非大逆不道的异端，并且认为那个时代的教会确实需要改革。今天的新教徒不再是异端，而是“分离的弟兄”。此外，今天许多天主教徒和新教徒在诸多共同事业上有着实际的联合争战，例如保护家庭、关注未出生婴儿、反色情等等。多数情况下，目前天主教与新教的冲突用言语和笔墨解决，而不借助刀剑和枪炮。
自称基督徒之间的宗派暴力，尤其是宗教改革时期天主教徒和新教徒对重洗派的可耻迫害，既没有圣经依据，也缺乏历史正当性。这些罪行许多都是由属于有形教会的人犯下的，并不属于无形教会。简而言之，他们不认识基督。但另一方面，又怎能责备那些拿起刀剑进行自卫的基督徒！
耶稣曾经预言，他的追随者会被那些自以为尊神旨意的人所杀害。他对门徒说：“时候将到，凡杀你们的就以为是事奉神。”这预言至少在三方面得到了应验：
- 犹太人(如扫罗)试图消灭基督教。
- 穆斯林以安拉的名义杀害了至少500万名自称基督徒的人，即使在今天，他们也会杀害那些信奉耶稣基督的穆斯林弟兄，例如苏丹的基督徒被穆斯林屠杀，他们的孩子被卖为奴隶。
- 在基督教世界里，一些人自认为执行神旨意而杀害异端，受害者许多是福音派基督徒。
塞勒姆女巫审判
中世纪晚期，很多女性被指控为女巫，以基督之名被处死。1486年出版的《女巫之锤》一书在这场疯狂中起到了重要作用，它论述巫术的必要条件、巫术生效与破解的方法以及女巫的起诉与审判程序，并提出了五种女巫鉴定方法。即使在温和友善的新英格兰清教徒中，这种疯狂的屠杀行动也曾短暂出现过。
塞勒姆女巫审判之前，新英格兰的清教徒法官根据申命记中的规定，只接受两位“无可指责”的证人的证据。然而在1692年，一些塞勒姆法官接受了“幽灵证据”，也就是控告者声称他看到的不是被告本人，而看到被告的魂灵在烧房沉船等行为的证词。于是，数百名被告受审，其中20人被绞死。
这场发疯大戏其实是教会协助终止的。当时，清教徒牧师英克瑞斯·马瑟(Increase Mather)和他的儿子科顿·马瑟(Cotton Mather)站出来反对女巫审判，敦促法官不能依据幽灵证据作出判决。他出版《良心案》一书，呼吁实施符合圣经的两位证人制度，这场杀戮才终于止住。
社会之罪恶
在整个基督教历史上，时常会看到基督徒站在错误的一边，但即使这样，神也从不缺席，就像先知耶利米一样，他逆潮流而行，独自呼唤正义和悔改。基督教世界制造了很多不公正；基督教产生了那些帮助带来改变的耶利米。以下是一些例证：
督教教世界制造了可怕的猎巫行为；基督教产生了弗里德里希·施佩，他冒着入狱的风险在欧洲反对猎巫，还有英克瑞斯·马瑟，他在塞勒姆结束了猎巫。
基督教世界的成员与北非腐败的穆斯林一起，发起贸易向新大陆贩卖奴隶；基督教产生了威廉·威伯福斯和克拉彭教派，他们成功地废除了奴隶贸易，还有亚伯拉罕·林肯总统，他帮助结束了美国的奴隶制。
基督教世界制造了西班牙征服者，他们在新大陆杀人如麻；基督教产生了巴托洛梅·德拉斯卡萨斯牧师，他强有力地为印第安人的权利发声。
基督教世界制造了对第三世界的殖民，有时欺压压迫和剥削当地百姓；但基督教产生了威廉·克理、阿多奈拉姆·贾德森和戴维·利文斯通，他们不仅传扬福音，也努力提升当地人民的福祉，帮助他们摆脱黑暗。
在基督教世界中出现了19世纪英格兰的贫民窟和对童工的非人道待遇；基督教产生了沙夫茨伯里伯爵，他不懈努力改善这些人的生活状况，并通过童工法保护儿童。
这样的例子不胜枚举，一直延续到今天。许多坏事是在有形教会的领域内产生的，但基督可以通过少数信徒的生命来平衡这些罪恶。
现今教会的不作为
在当今信息爆炸的时代，媒体传道人的丑闻给基督教带来了难以估量的伤害。与1980~1990年爆出的电视传道丑闻和后来的互联网传道丑闻相比，再低俗的肥皂剧也显得平淡无奇。这确实损害了利用广播、电视和互联网媒体传播基督福音的信誉。
媒体传道丑闻表明，即使是“属神的人”，双脚也是泥土塑就的。这也显示出所有人都是有罪的，达不到神的荣耀。他们的状况说明，神使用有缺陷的人来完成他的目的和真理。此外，还提醒当今教会需要加强纪律教导。不幸的是，尽管一些教会忠实实践着教会纪律，但大部分教会的纪律却名存实亡，军人违规可以被纪律处分或开除，教会仿佛不能处分自己的成员。曾经，贪恋权力的教会领袖滥用权威造成惨剧，但现在，历史钟摆摆到了另一个极端，一些教会完全忽视纪律。
人们加入教会，就是宣告自愿遵守教会的规则。如果他们违反规则，例如公然犯罪，那么教会应当慈爱、但坚定地面对他们。如果他们悔改，可以重新接纳；如果他们不悔改，应当慈爱地将他们逐出教会。逐出教会的目的是让他们醒悟。教会纪律得以正确执行时，迷失羔羊悔改归来的预期结果就能够实现。执行教会纪律的目的，是为了挽回，而不是惩罚。
其实，现今的教会还有许多需要认罪悔改之处。基督徒离婚率持续攀升，婚前性行为也多如过江之鲫，许多基督教家庭的青少年在19岁之前就已发生性行为。教会忽视传扬福音，这是教会的重罪之一。种族主义在当今教会中困扰着许多人。在一些“基督徒”家庭中，妻子遭受虐待。此外，一些教会或基督教事工的领导者，生活方式与基督的教导相悖，他们完全违背了“爱人如己”金律，追求名利地位、不惜践踏他人。权力已经让他们腐败，争夺基督教内的权力更加可恨。基督教也不再义正辞严地谴责堕胎，并非人人都坚持尊重生命，一些牧师和基督教学校的教授甚至宣称“尊重选择权”。
因此，今天我们高谈阔论谴责历史上教会的罪恶时，却不敢正视未来的世代将会如何评判现今教会的表现。自诩基督徒、口称重生的人很多，道德却在持续不断地下滑。
我们可以谈论南方的基督徒，指责他们利用圣经为奴隶制辩护；我们可以谈论加入纳粹的基督徒，斥责他们视希特勒为英明的政治领袖；我们可以谈论南非的种族隔离制度，批评当地教会支持种族主义；我们可以谈论“边缘团体”所犯的许多罪恶，他们在外界看来可能是基督教团体，实际上却远离福音成为异端；我们可以谈论与教区居民发生性关系的牧师，甚至有传道人胆敢强奸孩童；我们可以谈论一些教会因琐事而分裂，导致会众的利益受损……
我们知道教会从来就不是完美的，教会所犯之罪行不应遗忘，但更不宜夸大传播，仿佛教会从来就是做坏事，更重要的是，教会必须从从前的错误中汲取教训、不断成长，然后继续前进。教会不再十字军东征、不再把异端送上刑台、也不再烧死或吊死女巫，我们看到教会历史上的诸多罪恶，反而更能坚定基督信仰，更加懂得基督教不是犯罪的源头，反倒是约束犯罪、提升道德的最高力量。